Ninja Scroll acontece no Japão antigo e é a história de um guerreiro vagante chamado Jubei. A única coisa mais afiada que sua espada são sua inteligência e coragem.
Quando a história começa, há uma praga devastando a zona rural e a aldeia de Shimota, que já foi aniquilada por ela.

Um time de Ninjas conhecido como Koga Ninja Team é enviado para investigar as mortes, mas antes que eles pudessem chegar a aldeia são emboscados nas árvores por um inimigo das sombras incrivelmente poderoso e todos são selvagemente mutilados. Exceto um, uma guerreira chamada Kagero.

Ela só é levada por seus atacantes para ser salva por nosso herói, Jubei. Ela o agradece e tenta ser forte e indiferente, mas depois que ele parte, a dor de Kagero transparece. Por toda sua vida ela sempre foi tratada como um guerreiro gasto... morando num mundo sem emoção transbordando em dor.

Por ter salvo Kagero, (e mais tarde dispensado por seus atacantes) o resto dos Devils of kimon vão atrás dele e ele é forçado a trabalhar para um velho espião ninja chamado Dakuwan. Juntos, Dakuwan e Jubei acabam formando um time com Kagero para lutar com esses demônios com habilidades supernaturais.

Por ter muita informação revelada, o enredo começa um pouco confuso e o sangue parece cair como chuva! O fim é impressionante, mas nem pense que vamos contar como é! Se você não viu, alugue! sua vida nunca mais será a mesma...

Quando perguntado sobre a miríade de seres com poderes supernaturais que populam este anime, o criador de Ninja Scroll retruca: "Eu estou interessado no impacto de horror criado por misturar realidade e fantasia e assim eu gosto de criaturas artificiais que são metade homem e metade besta. Eu uso freqüentemente estas criaturas em meu trabalho por que só na animação é que elas existem - nos mundos animados que eu crio, elas são criaturas vivas, que respiram em seus ambientes naturais".